bbsience1 さん プロフィール

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bbsience1さん: とある生物系研究者によるサイエンスブログ
ハンドル名bbsience1 さん
ブログタイトルとある生物系研究者によるサイエンスブログ
ブログURLhttp://scienceblog.seesaa.net/
サイト紹介文東大で生物系大学院生をやっています。 主に最近気になったサイエンス記事を載せるつもりです。
参加カテゴリー
更新頻度(1年)情報提供16回 / 365日(平均0.3回/週) - 参加 2014/08/05 08:02

bbsience1 さんのブログ記事

  • Ubuntu16.04 に minergate をインストールする
  • サイエンスに関係のない自分メモ。最近流行りの仮想通貨マイニングの便利ツールである、minergate を ubuntu16.04 にインストールしたメモ。マイニングツールの中でも特に幅広いプラットフォームで簡単にマイニング環境を作成できる便利ツールである minergate を ubuntu16.04 インストールしてみました。こちら https://minergate.com/downloads/gui で自分のプラットフォームに合ったファイルをダウンロードします。 (今回.. [続きを読む]
  • Ubuntu で遅延のない Bluetooth イヤホン環境 〜 aptX 対応?
  • またまたサイエンスに関係ない記事。以前からデスクトップ環境は Ubuntu (16.04) にしているのですが、イヤホンを無線にしたくなり、いろいろ調べました。結論としては aptX が使えたかはわからないが、遅延はなかったという話になります。Bluetooth イヤホンは音質が落ちたり遅延したりすることはよく言われています。それを軽減するためには、例えば aptX というコーデック対応機器を揃えるなどの対処法があります。Bluetooth イ [続きを読む]
  • ImageJ でスケールバーを入れる方法
  • ImageJ ではスケールバーを画像に埋め込むことができます。そのためにはまず、スケールの数値をImageJに教える必要があります。Analyze > Set ScaleDistance in pixels : 画像のpixelサイズ、または任意のピクセル数を入れます。Known distance : 上で記入したpixelあたりの長さを入れます。Unit of length : Known distance の単位を入れます。Global : チェックを入れると開くす.. [続きを読む]
  • ImageJで細胞や核内のシグナルを半自動定量
  • 前回の記事で細胞の自動カウント方法を書きました。しかし、実際の細胞のカウントでは、核の数を数えたい場合だけではなく、核が染色されるマーカーと組み合わせて数を数えたいなどの場合が多いです。じゃあそっちのシグナルで Analyze Particleすればいいんじゃないの?と思うかもしれないですが、核の形に強いシグナルを示す細胞だけがある場合はそれでいいかもしれませんが、薄いシグナルを示す細胞もたくさんある、という場合 [続きを読む]
  • ImageJで細胞を自動カウント
  • 細胞をカウントするというのは細胞や個体を扱う生物学系の研究でとてもよくある作業です。過去記事では手動カウントするときに便利な機能を紹介しました。しかし、やはり手作業でカウントするのは非常に面倒くさい。そこで自動カウンティング方法を紹介しておきます。これはanalyze particleプラグインを用いた方法で、すでにいくつもページがあるのでそれの紹介だけ。 [続きを読む]
  • 100記事目を迎えた雑感
  • 休止して、再開してを繰り返していたけれど、ついに100記事目になりました。最初は純粋に論文の論文の紹介ブログにしようと思っていたんですけど、科学ニュースの記事について軽く触れる記事を書いたり、ラボ生活に関することを書いたり、画像解析ソフトについて書いたり、実験のtipsを書いたり、まとまりのない感じですが、一応論文紹介が半分以上を占めています。 [続きを読む]
  • ImageJでオリンパス顕微鏡のファイルを読み込む
  • 顕微鏡画像を取得したあとは、適切な画像ファイルにして整理、保管、データ化しなければなりません。しかし、面倒なのは、顕微鏡会社ごとに顕微鏡画像のファイル形式が異なっていることです。基本的に顕微鏡画像は、画像を取得した時の顕微鏡のセッティング情報などとひとまとめになった形式になっており、ライカであれば .lif オリンパスであれば.orf といった独自の拡張子になっています。そのため、顕微鏡をしようしたときの各 [続きを読む]
  • Windows10とLubuntu14.04でマウスとキーボードを共有する
  • Windows10とLubuntu14.04でマウスとキーボードを共有するにはSynergyが便利そうだったので導入してみたメモWindowsにつないだマウスとキーボードをLubuntuでも使えるようにしました。まずWindows側からSynergyは現在有料ですが、Nightly Built版を使えば無料で使用できます。ダウンロードページ自分の環境に合わせて、Windows-x86またはx64.msiを選んでダウンロードし、インストールすればOKです。Stableと入ってい.. [続きを読む]
  • 蛍光の漏れこみを調べるサイトが便利
  • 分子生物学をやっていると蛍光タンパク質や蛍光試薬を用いて、様々な評価をすることがよくあります。多くの場合蛍光波長の違ういくつかの蛍光物質を組み合わせて2重、3重、4重・・・に評価することで細胞や細胞内のいろいろなものの挙動を調べます。そのとき問題となるのは傾向の漏れこみです。それを調べる便利なサイトがあるよ、という話です。蛍光物質の性質蛍光物質には、励起波長と蛍光波長があり、ある特定の波長を受けると [続きを読む]
  • ダイエットは体重を5%減らせば十分だった!
  • 肥満になると脳卒中などの心血管疾患になるリスクが上昇したり、インシュリン抵抗性やβ細胞の機能障害を介して糖尿病になったりします。そうした病気を予防するためには体重を減らす=ダイエットが効果的であることはわかっていました。しかし、どの程度体重を減らせばいいのかはよくわかっていませんでした。今回の論文でわかったことは、たった5%体重を減らせば、十分な予防効果があるということです。 [続きを読む]
  • TBSは反応温度でpHが大きく変わる
  • TBSはTris Buffered Salineの略で、PBSと同様に生物系の実験で多用される緩衝溶液です。TBSとPBSは結局緩衝剤なので、あまり違いはなくどちらを使っても構わない場合が多いです。あまり違いはないと言いましたが、実は違いがないかというと実は大きな違いがあります。それは温度変化に対する反応です。 [続きを読む]
  • Windows10への無料アップデートはまだ間に合う!! (7/30)
  • Windows10へのアップデートはしまいと思っていたのですが、windows8.1ならアップデートしてもデメリットがあまりない (むしろアップデートしない理由もない) ということで、アップデートしようと思いました。 (Flowjoも対応したし)しかし、思い立ったのが7/30になった深夜で期限切れと表示されてしまいました・・・ (7/31までだと思った)調べてみると本当の最終期限はハワイ時間で7/29の23:59 (日本時間7/30の19時ころ) までという [続きを読む]
  • python-pptx導入しようと思ったらかなり手間取った
  • 日々のルーチンワークで写真を撮ったものをパワーポイントに並べて保存しておきたいことがよくあります。単純に記録としてだったり、何枚もの写真をとりあえず並べて比較したりといったためです。こうした場合ひたすら同じ操作をたくさんの画像に対して行うため、単純作業の繰り返しになります。そこで自動化して簡略化できないかと考えました。すると、python-pptxというPythonのlibraryを使えば、Pythonでパワーポイントを操作で [続きを読む]
  • 肥満になるとどうしてインシュリン抵抗性が現れるのか
  • 肥満になると多くの生活習慣病の原因になります。普通の人は食事をすると血糖値が上がります。上がったままではまずいので、インスリンを産生し、インスリンの作用で血糖値が下がります。しかし、肥満の人ではインスリンに対して抵抗性を示すようになり、血糖値が下がらなくなります。これが生活習慣病の原因になります。ではなざ肥満の人はインスリン抵抗性を示すようになるのでしょうか。実はこれはよくわかっていませんでした。 [続きを読む]
  • ImageJで細胞数をカウントする
  • 細胞数のカウント。それは苦行。ImageJで細胞を手動でカウントするときにとっても便利なのが「Cell Counter」です。Plugins>Analyze>Cell Counterにあります。起動してカウントしたい画像を出します。まずInitializeを押します。「Counter Window - 」と画像の名前の前についた画像が開かれます。元画像は閉じてしまうので残したければKeep Original にチェックを入れておきます。 [続きを読む]
  • ヒトの脳みそが大きいのはなぜか2
  • 前回前振りをしましたヒトの脳みそが大きいのはなぜかという話題です。前回話した通り、ヒトの脳にはoRGという細胞がたくさんいて、そいつらがヒトの脳を大きくする重要な役者なのではないかというような話をしました。しかし、この細胞がどんな特徴を持っているのかについてはまだまだ調べられていなかったのです。それこそがヒトの脳を大きくする秘密のはずなのですが。そこで今回紹介する論文の筆者たちはその性質を明らかにす [続きを読む]
  • ヒトの脳みそが大きいのはなぜか
  • 久しぶりに論文の紹介ヒトの脳みそがなぜ大きいかということにアプローチしている論文が Cell誌 に出ていました。今回はその論文を紹介する前振りです。ヒトの脳みそがなぜ大きいか、正確に言えばヒトの大脳新皮質が大きいのか、という謎の答えは未だ明らかではありません。しかし、この謎の答えこそがヒトの知能がなぜ発達しているのかという答えになると考えられているため、とても研究が盛んです。ヒトの大脳新皮質が大きい理由 [続きを読む]