あなたにもできる!ハーバード研究留学Life Hacks!! さん プロフィール

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あなたにもできる!ハーバード研究留学Life Hacks!!さん: あなたにもできる!ハーバード研究留学Life Hacks!!
ハンドル名あなたにもできる!ハーバード研究留学Life Hacks!! さん
ブログタイトルあなたにもできる!ハーバード研究留学Life Hacks!!
ブログURLhttp://blog.goo.ne.jp/maromato2012
サイト紹介文研究・生活・英語・ITを中心に、凡人&俗人的な目線からの留学
参加カテゴリー
更新頻度(1年)情報提供3回 / 365日(平均0.1回/週) - 参加 2014/11/04 13:07

あなたにもできる!ハーバード研究留学Life Hacks!! さんのブログ記事

  • いつの間にか5年目がはじまっている!
  • いつの間にかボストンも5年目。。いろいろ書きたいこともあるんだけれど、いつの間にか時間がたってしまって、このブログも結構ほったらかしにしていた。ちょっと研究面では停滞したこともあって、スランプな時期も去年から今年の初めにかけてありましたが、ここにきて開き直りというか、仕事面ではラストスパートにいろいろできる限りのことをやってみようという気になってきましたね。あとこちらの四季も楽しむようにしていきま [続きを読む]
  • 2017年始まりました!
  • 2017年がいつの間にか始まった。2016年は、一日一度新しいことに挑戦するが、目標だったことものあるのですが、2016年いろいろなことに挑戦しすぎて、ブログを書く暇がなかったくらいでした。一つには英語でのコミュニケーション能力に自信がついてきたので、新たなことを挑戦する余裕がでてきたこと、研究の方もまとめがさしかかるにしたがって、さらなる進展方向を求めて伸びそうなところに種をまき始めたということもあるかもし [続きを読む]
  • kallisto使ってみた!
  • Psudoalignmentというある意味姑息な手法を使って高速にRNA-seq data解析を行うソフトkallisto使ってみた。インストールその他は、チュートリアルGetting Started及びKallistoInstallが詳しい!リファレンスゲノムファイル(cDNA)をEnsembleのFTPサイトで落とし、macのterminalで$ Kallisto index -i myMouseIndex Mus_musculus.GRCm38.cdna.all.faとしてインデックスファイルをつくる。その後kallistoのマニュアルを参考に、kall [続きを読む]
  • ハーバード留学英語3年目編014:USMLE 2CS英語レッスン3回目(神経学的所見)
  • USMLE 2CS英語レッスン3回目今回は割とシステムに慣れてきたで、2症例をやってかつ前回の神経学的所見の取り方をおさらいしました。大体の流れはつかめるようになったものの、1)ところどころスムーズさに欠ける2)重複が多い3)必要な医学的質問を忘れている(糖尿病の現状の把握など)という課題が見えてきますね。あとpatient noteの部分はカバーできていないのですが、これもまた必要な鑑別を忘れてしまいますね。もう [続きを読む]
  • ハーバード留学英語3年目編012:toastmaster 9 回目"Persuade with power"
  • Persuade with power先月予定が幾つか変更になった影響もあり、立て続けにtoastmastersの発表を行い、今年度中の目標だったcompetent communicator manualのプロジェクトを終わらせた!これはその1つめ。9つめのプロジェクトであるPersuade with powerである。なんらかの説得できるような発表をしないといけないのだけれど、なかなかネタが思い浮かばないので、日本ネタに逃げ、”そうだ京都。行こう”的な発表にした!この会はな [続きを読む]
  • 【アメリカ確定申告シリーズ】J1の3年目はResident Alien!
  • J1の3年目はResident Alien!非常にわかりにくいのですが、J1の2年目まではNon Resident Alien -> 申請用紙が1040NR or 1040NR(-EZ)                   + 租税条約J1の3年目からはResident Alien -> 申請用紙が1040 or 1040Aなどになるようです。なおこのためPartnersなどハーバードの病院関連の職場で無料で使えるForeign National Tax Resource (FNTR) Softwareであるwindstarは3年目からは使えない。く [続きを読む]
  • ハーバード留学英語3年目編010:toastmasters8回目と世界初のエーテル麻酔
  • toastmasters発表8回目toastmastersで自分で発表をし始めてから、ほぼ一年!ようやく8回目の発表を終えることができた。ここまでくると大分場数をこなしてきた感じがあり、ちょっと英語での発表が楽になってきた気がする。未だに英語の発表の前は緊張するが、すくなくともどのくらい事前に用意すれば大丈夫か(少なくとも3−4回声に出してリハーサルすると大分違う)ということがわかった。またいくつか質問その他をうまくかわ [続きを読む]
  • ハーバード留学生活3年目編014:Tumblrで英語版ブログを作ってみる
  • 最近Facebook, Twitter,Liinkedinなんかのアカウントをうまく統合していくように試みている。その一環でデザインが綺麗なのでTumblrで英語版ブログを始めてみた。割と簡単に設定できて、デザインが綺麗なので楽しい。あとソースコードなんかも入れられるので、Gooなんかよりも使い勝手がよいかもしれない。くわしくはTumblr(タンブラー)の使い方まとめ!【カスタマイズサイト】の説明がわかりやすい。あとMediumもちょっと興味が [続きを読む]
  • Rによる生存曲線の書き方
  • Rによる生存曲線の書き方二つのサイトR Textbook ExamplesApplied Survival AnalysisRと生存時間分析が詳しい。#ID, OS, Status, DrugからなるTableを作る!#ID= Patient Number,OS =length of time, Status =Death or Not, Drug=Control or test>library(survival)#ファイルの読み込み>t attach(t)>t.surv summary(t.surv)#KMプロット作成>plot (t.surv,lty=1:2, xlab="Time", ylab="Survival Probability" )legend(locator(1), [続きを読む]
  • Rエラー:「列名よりも列数のほうが多いです」への対処
  • Rエラー:「列名よりも列数のほうが多いです」Rでspread sheetを読み込む際に、列名と列数があっているにもかかわらず、表題のようなエラーメッセージがでたネットで調べてみると、Rによる気象データ解析 7さんが、同様のエラーメッセージへの対処法を記載されていた。結局のところ、サンプル名の文字数が長すぎてRが一つのサンプル名と認識していないのが問題のようであった。そこで分かったことは、複数のデータ系列名が合体 [続きを読む]
  • Rでmatrixから任意の複数の行を取り出すには?
  • Rでmatrixから任意の複数の行を取り出すには?例えばマトリックスyから、1,3,5行を抜き出したいときは?y[,c(1,3,5)]マトリックスyから、1,3,5行以外を抜き出したいときは?y[,-c(1,3,5)]これを利用して以下のように96行のマトリックスから、任意の44行のgroup1とそれ以外の52行のgroup2を抜き出し、別々に保存した後、(group1,group2)からなるマトリックスに格納した後、優位に差のある遺伝子をpickupするなどができる。> pc t1 [続きを読む]
  • バイオインフォマティックス情報覚書
  • 論文(Bioinformatics@Nature 14888)からの覚書。メモメモ、メモメモ。GSEはLSC系のものはde faultが決まってきた感があるなあ。あと単なるGSEAじやなくてROASR使っているらしい。ちょっと調べねば。#Alignment and Mapping:Subread, featureCounts#DEG of RNAseq: limma/voom, correction multiple testing using BHmethods,genes with FDR 2 were consideredsignificantly differentially expressd#LSC signature for MLL-AF9:G [続きを読む]
  • GIST埋め込みのテスト
  • GIST埋め込みしようと、試してみましたが、Gooはスクリプトタグ、ダメなようですね。(*1)クロスサイトスクリプティングとは、ソフトウェアのセキュリティホールの一つで、gooブログなどの書き込みが表示されるサイトに悪意のあるユーザにスクリプトなどを埋め込まれた場合に、訪問者の情報(cookieなども)送ってしまう脆弱性のことです。gooブログでは、アクセスするすべての方の安全を考慮して、スクリプトタグなどの危険性が少 [続きを読む]
  • ハーバードの起業セミナーに参加してみる
  • Creating a Winning Business Proposalハーバードのincubation部門の一つHarvard ilabの起業志向の学生向けセミナー「Creating a Winning Business Proposal」に参加してみた。この2月に学生向けのビジネスコンテストがありそれの関連のイベントであるが、学生以外にもビジネス化に興味のある人間が多数集まってきており、講演会場は立ち見の出るほどの盛況であった。Entrepreneurshipが専門のHBSの教授Lynda Applegateさんが、ビ [続きを読む]