gomisai さん プロフィール

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gomisaiさん: ねがてぃぶろぐ
ハンドル名gomisai さん
ブログタイトルねがてぃぶろぐ
ブログURLhttp://gomisai.blog75.fc2.com/
サイト紹介文電子工作ブログ、マイコン・回路シミュレーションがメインです。
参加カテゴリー
更新頻度(1年)情報提供15回 / 365日(平均0.3回/週) - 参加 2009/04/12 19:48

gomisai さんのブログ記事

  • AkaiKKRで不純物の磁気モーメント
  • 第31回のCMDワークショップのAkaiKKR(machikaneyama)実習で鉄の中に不純物元素を入れたときの不純物元素の磁気モーメントの計算を行いました。CMDワークショップの時には手動で不純物元素の種類を置き換えて計算していたので、今回はシェルスクリプトを作成して自動化を行いました。Fig.1: 強磁性鉄の中の不純物の磁気モーメント。正の値は鉄と同じ向きのモーメントを持つことを意味し、負の値は逆方向のモーメントを持つことを意 [続きを読む]
  • ecaljでシリコンの電荷密度
  • ecaljではポスト処理として電荷密度の計算が可能です。プロットにはecaljで銅のフェルミ面で用いたxcrysdenの他にVESTAも利用できます。Fig.1: シリコンの電荷密度ecaljでシリコンのバンド構造(LDA計算)で作成したシリコンの入力ファイルを利用して、セルフコンシステント計算を行ってから、ポスト処理として以下のコマンドを実行します。mpirun -np 2 lmf-MPIK si --density上記のコマンドを実行すると smrho.xsf というファイル [続きを読む]
  • ecaljで銅のフェルミ面
  • ecaljでは、ポスト処理としてフェルミ面の描画が可能です。より具体的に言うと、xcrysdenのbxsf形式でフェルミ面のデータファイルの出力が可能です。どちらかというとecaljでフェルミ面のデータを出力するよりもxcrysdenを使うほうが面倒なのですが、今回はそのあたりについて書きます。Fig.1: 銅のフェルミ面UbuntuへのxcrysdenのインストールUbuntuへxcrysdenをインストールするのは簡単です。apt-getからインストールできます。 [続きを読む]
  • CIFからecalj入力の作成
  • ecaljの入力ファイル作成は手動でやってもかなり簡単ですが、更に簡単な方法としてCIFファイルから半自動的に生成する方法もあります。具体的にはCIFから cif2cell を使ってvasp形式のファイルを作成し、そのvasp形式のファイルからecaljの入力ファイルを作成するという方法です。Fig.1: SrTiO3の結晶構造。簡単すぎることも複雑すぎることもなく、例題として扱うのに丁度いい結晶。今回は正方晶(tetragonal)のSrTiO3を例に入力フ [続きを読む]
  • AkaiKKRで最急降下法
  • 擬ポテンシャル法を用いた第一原理計算パッケージは、多くの場合、結晶構造の最適化機能を持っています。しかしAkaiKKRにはそのような機能はありません。そこで、最急降下法を用いて全エネルギーが最小となる結晶構造を探してみました。対象として選んだのは六方最密充填構造(hcp)のコバルトです。Fig.1: 全エネルギーのカラーマップと最急降下法探索による全エネルギー最小化結晶構造の最適化多くの第一原理計算パッケージには、 [続きを読む]
  • AkaiKKRで鉄のeg, t2g状態密度
  • 第一原理計算入門 AkaiKKRのページで紹介されている方法に従ってAkaiKKR(machikaneyama)を用いて鉄のd状態密度をegとt2gに分解してプロットしました。Fig.1: 強磁性体心立方構造鉄のd電子の部分状態密度AkaiKKRの部分状態密度AkaiKKR(machikaneyama)ではgoモードでセルフコンシステント計算を行った後、出力されたポテンシャルファイルからdosモードでspecxを実行することによって状態密度を計算することが出来ます。状態密度は全 [続きを読む]
  • くつ乾燥機
  • 梅雨のシーズンで靴が濡れてしまう事もたびたびなこのごろですが、私は昨年購入したくつ乾燥機のおかげで快適です。ツインバード工業のくつ乾燥機は、おおよそ見た目から想像が付くとおりの使い方で、くつを乾かすことが出来ます。タイマー機能がついているので、湿ったくつをセットしてつまみを最大の2時間に設定して放置すれば、翌日の朝に履くまでにはしっかりと乾いています。すごく便利です。 [続きを読む]
  • 包丁を研ごう
  • 詐欺師と一緒にされるのが嫌な人が詐欺師と一緒にされるのはかわいそうなので、広告を消すために更新します。包丁を研ぐのはハードルが高いと思っていましたが、適切な治具があれば簡単にできるだろう事に今更ながら気がつきました。当然ながらAmazonで安く売っています。砥石の番手も#1000番だけで充分です。一人暮らしで適当に使ってる文化包丁程度でも数ヶ月使うと切れ味が悪くなります。スーパートゲールをつけて#1000番の砥石 [続きを読む]
  • Scilabで最急降下法 その2
  • Scilabで最急降下法 その1では1変数の関数 f(x) に対して最急降下法を用いて最小値を求めました。今回は2変数の関数 f(x,y) について最小値を求めます。Fig.1: 最急降下法による最小値探査具体的には二次元のガウス関数に-1を掛けた関数を f(x,y) とします。begin{equation}f(x,y)=frac{1}{2 pi sigma_1 sigma_2 sqrt{1-rho^2}}expleft{-frac{1}{2(1-rho^2)}timesleft(frac{(x-mu_1)^2}{sigma_1^2}-2rhofrac{(x-mu_1)(y-mu_2)}{sig [続きを読む]
  • Scilabで最急降下法 その1
  • Scilabで何らかの関数 f(x) の最小値(あるいは最大値)を計算することを考えます。関数の値を計算するのが簡単な場合は x の定義域全体で f(x) を計算した後 min や max を使うという方法もあります。しかしながら f(x) の計算にそれなりの時間がかかる場合や f(x, y) といったように引数がたくさんある場合は効率的ではないと思います。そこで今回は最急降下法のアルゴリズムを利用して f(x) の最小値を求めるということをやってみ [続きを読む]
  • Scilabで二重積分
  • Scilabを利用すると1変数の数値積分が簡単に計算できます。begin{equation}int_{x_0}^{x_1}f(x)mathrm{d}xend{equation}このブログでも数値積分タグにいくつかの例を見つけることができます。しかしながら、2変数の数値積分はこれまで行ってきませんでした。begin{equation}intint f(x,y) mathrm{d}xmathrm{d}yend{equation}Scilabには二重積分を計算することが可能な int2d が存在します。今回は高校数学の美しい物語で解析的に解 [続きを読む]
  • AkaiKKRのSICをOFFにするメモ
  • bccPtの全エネルギーの格子定数依存性に変な不連続SICが原因source/cstate.fの編集で対処可能Fig.1: bcc Pt の全エネルギージャンプ問題bccPtの全エネルギーのジャンプ問題AkaiKKR BBSのStep-wise shift of total energy along with lattice constantsにて体心立方構造(bcc)のプラチナの全エネルギー計算を行うと、特定の格子定数で階段状のエネルギーシフトが起こると報告しています。KKR Administratorさんの返信によると自己相 [続きを読む]
  • AkaiKKRのk点メッシュ
  • AkaiKKR(machikaneyama)の計算に使われるk点の数は、入力ファイルの bzqlty で指定されます。計算で実際に使われた既約的ブリルアンゾーンのk点の数は、出力の nk に表示されます。計算に使用したk点の数の表し方には、既約的ブリルアンゾーンの中のk点数のほかに、全ブリルアンゾーンの中でそれぞれの逆格子ベクトルをメッシュ状に何分割したかを N1 × N2 × N3 のような形で表すやり方もあります。この分割数の情報は、通常出力 [続きを読む]
  • AkaiKKRのewidth対応表
  • AkaiKKR(machikaneyama)を使って状態密度(dos)やバンド構造(spc)を計算する場合、セルフコンシステント計算(go)のときと ewidth の範囲が異なります。(参考: AkaiKKRのewidth その1, その2)デフォルトでは、go計算よりdos計算やspc計算のときに1/4だけエネルギー範囲が正の方向へずらしてあります。したがって、go計算のときにエネルギー範囲の底がコアにかかっていないかを確認したいときには、状態密度(dos)やバンド構造(spc)を [続きを読む]
  • AkaiKKRでPd-Rh二相共存領域
  • 二元系の状態図には、全率固溶型や共融型などいくつかのパターンが存在します。Pd-Rhの二元系では、端成分が共に面心立方構造となっています。そのため高温では固溶体となります。しかしながら、低温では二相に分離します。今回はAkaiKKR(machikaneyama)を利用して、この境界となる温度を求めてみます。Fig.1: Pd-Rh二元系の合金状態図とAkaiKKR(machikaneyama)によって計算された固溶と二相共存の境界温度(紫:マフィンティン近似, [続きを読む]
  • AkaiKKRのspc計算の入出力フォーマット その2
  • AkaiKKRのspc計算の入出力フォーマットでは、AkaiKKR(machikaneyama)の26 Augsut 2015のバージョンを利用して、それよりも以前の 22 May 2015 のバージョンと同じspcの入出力フォーマットに戻す方法を書きました。入力フォーマットの変更は簡単だったのですが、出力フォーマットの指定方法の変更は、少し面倒くさい感じでした。最新版の 22 July 2016 バージョンのAkaiKKRでは、この出力フォーマットの指定方法も簡単になりました [続きを読む]
  • AkaiKKRとgfortranの出力バッファリング
  • gfortran の出力バッファリングによるとgfortranは、デフォルトで出力をバッファリングするようになっているとのことです。AkaiKKRの実行コマンドで書いたように出力ファイルを tail -f で監視する際に邪魔になるので、環境変数を利用してバッファリングしないようにしてみました。ちなみに私の環境では ifort でコンパイルした specx では、このようなバッファリングの問題は起こっていません。gfortranの出力バッファリングの無 [続きを読む]
  • AkaiKKRでウルツ鉱構造ZnO
  • AkaiKKR(machikaneyama)をもちいてAkaiKKRでルチル構造SnO2 その1、その2ではルチル構造の計算をし、AkaiKKRで岩塩構造 BaO2では岩塩構造の計算をしました。今回はそれらに続いてウルツ鉱構造のZnOの計算を行います。Fig.1: ウルツ鉱構造のZnOウルツ鉱構造Fig.1に示したのがウルツ鉱構造のZnOです。亜鉛原子を六方最密充填構造のように配置し、その四面体格子間位置のうち、半分のサイトを酸素が占めたような結晶構造をしています [続きを読む]
  • AkaiKKRで岩塩構造 BaO2
  • AkaiKKR(machikaneyama)を用いて、岩塩型構造のBaOのバンド構造と状態密度を計算しました。バンドギャップが開いた半導体であることが確認できました。Fig.1: 岩塩型構造BaO岩塩型構造AkaiKKRでルチル構造SnO2 その1, その2では、AkaiKKR(machikaneyama)を用いてルチル構造の半導体であるSnO2, GeO2, TeO2のバンド構造を計算しました。今回は岩塩構造のBaOの計算を行います。Fig.1に示すのが、岩塩型の結晶構造です。面心立方構造 [続きを読む]
  • AkaiKKRでルチル構造SnO2 その2
  • AkaiKKRでルチル構造SnO2 その1と同様にルチル構造のGeO2とTeO2の状態密度とバンド構造を計算しました。Fig.1: ルチル型結晶構造ルチル構造半導体AkaiKKRでルチル構造SnO2 その1では、ルチル構造を持つSnO2のバンド構造と状態密度の計算をしました。ルチル構造を持った化合物としては、他にGeO2等があります。また、TeO2もルチル構造に良く似た結晶構造です。そこで今回は、前回と同様にこれら2種類の物質のバンド構造と状態密度の [続きを読む]
  • AkaiKKRでルチル構造SnO2 その1
  • AkaiKKR(machikaneyama)を用いてルチル構造のSnO2のバンド構造を計算しました。Fig.1: ルチル構造SnO2のバンド構造ルチル構造半導体Fig.2に示したのがルチル型の結晶構造です。Fig.2: ルチル型結晶構造今回は、ルチル構造のSnO2の状態密度とバンド構造を計算します。ルチル構造は比較的格子間領域の広い結晶構造なので、マフィンティン半径の比や追加のempty sphereなど考えるべきものは色々あるかと思いますが、今回は単純に下記 [続きを読む]
  • 重曹とクエン酸で排水溝ぬめり取り
  • 排水溝に塩素系のぬめり取りの錠剤を使っていたのですが、放置するとシンクがさびるようなので、どうしたものかなと思っていました。そんなわけで、重曹とクエン酸の組み合わせでキッチンの排水溝の掃除をして見ましたが、なかなか良い感じです。 具体的には、クエン酸を1に対して重曹を2の割合で混ぜて、排水溝にごっそりと盛ります。大き目のスプーンで、クエン酸を3さじなら、重曹は6さじといった感じでしょうか。検索すればす [続きを読む]
  • AkaiKKRで点欠陥の形成エネルギー(未完)
  • Wang et al. (2004) (PDF)を参考に、AkaiKKR (machikaneyama)を用いて面心立方構造(fcc)のアルミニウムの点欠陥の生成エネルギーをスーパーセル法を用いて計算しました。結果は、Wang et al. (2004) (PDF)の計算結果に対して、一桁程度の過大評価となってしまいました。点欠陥の形成エネルギー結晶中に点欠陥を作るために必要な欠陥の形成エネルギーは、スーパーセル法を用いた第一原理計算から計算することができます。具体的には [続きを読む]
  • AkaiKKRとUbuntu 12.04 のスワップ領域
  • AkaiKKR(machikaneyama)をつかっていると、メモリ不足で実行ファイルの作成ができないことがあります。実際の第一原理計算で使うメモリは、実行ファイル作成時と比べてはるかに少ない場合が多いので、スワップ領域を大きくすることで、(実行ファイル作成にかかる時間を我慢すれば)原子数の多い計算もある程度可能になります。今回は、swapファイルを追加するを参考に Ubuntu 12.04 のスワップ領域を追加してみました。メモリ不足で [続きを読む]
  • ecaljでB-dopedダイヤモンド
  • ecaljと仮想結晶近似(VCA)を用いて、ダイヤモンドの炭素原子を5%ホウ素に置換したホウ素ドープダイヤモンドの電子構造を計算しました。結果は、AkaiKKRでB(N)-dopedダイヤモンドやAkaiKKRでリジッドバンド模型もどきの結果と調和的で、純粋なダイヤモンドは絶縁体、ホウ素をドープしたダイヤモンドは金属的なバンド構造となりました。Fig.1: ダイヤモンドとホウ素をドープしたダイヤモンドのバンド構造仮想結晶近似(VCA)不規則合金 [続きを読む]