gomisai さん プロフィール

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gomisaiさん: ねがてぃぶろぐ
ハンドル名gomisai さん
ブログタイトルねがてぃぶろぐ
ブログURLhttp://gomisai.blog75.fc2.com/
サイト紹介文電子工作ブログ、マイコン・回路シミュレーションがメインです。
参加カテゴリー
更新頻度(1年)情報提供17回 / 365日(平均0.3回/週) - 参加 2009/04/12 19:48

gomisai さんのブログ記事

  • 高圧討論会
  • 第59回高圧討論会に参加しました。http://highpressure.jp/new/59forum/たったこれだけの内容でもエントリとして投稿しないと広告が消せない・・・ [続きを読む]
  • 嵐の第33回CMDワークショップとAkaiKKRのYoutube動画
  • 第33回CMDワークショップは、不幸にも上陸した台風とバッティングしたため、2日目が休講になりました。この日のビギナーコースではAkaiKKR(machikaneyama)のチュートリアルが予定されていましたが、当然ながらそれもキャンセル。3日目の最後に行われた懇談会では、ビギナーコースの方たちからAkaiKKRの演習ができなくて残念だったという声を聴きました。そこでYoutubeで公開されているAkaiKKRの演習動画を紹介します。第5回CCMSハ [続きを読む]
  • Scilabで二次元線形補完
  • 第33回CMDワークショップは、不幸にも上陸した台風とバッティングしたため、2日目が休講になりました。この日のビギナーコースではAkaiKKR(machikaneyama)のチュートリアルが予定されていましたが、当然ながらそれもキャンセル。3日目の最後に行われた懇談会では、ビギナーコースの方たちからAkaiKKRの演習ができなくて残念だったという声を聴きました。そこでYoutubeで公開されているAkaiKKRの演習動画を紹介します。第5回CCMSハ [続きを読む]
  • PWscfでZnOの構造緩和
  • PWscf(Quantum ESPRESSO)を用いてウルツ鉱構造のZnOの高圧力下での構造最適化を行いました。Fig.1: ウルツ鉱構造ZnOの格子定数の圧力変化入力ファイルのテンプレートまずPWscfの入力作成補助で紹介したxlt2pw.pyを利用して、ZnOの入力ファイルの雛形を作ります。入力の元になるxtlファイルは、CIFからVESTAを通じて出力します。CIFはDFT計算用データベース MatNaviで紹介した無機材料データベース(AtomWork)などからダウンロードし [続きを読む]
  • DFT計算用データベース MatNavi
  • AkaiKKR(machikaneyama)やecalj, Quantum ESPRESSO(PWscf)といった第一原理計算パッケージを用いるには、色々なデータベースがあると便利です。物質・材料研究機構(NIMS)が、この目的に適したデータベースを公開しています。利用にはユーザー登録が必要ですが無料です。ユーザー登録自体はとても簡単です。今回は、雰囲気を紹介するためにいくつかのデータを見てみます。状態図実際に計算する物質が組成や温度によってどのような相 [続きを読む]
  • PWscfの入力作成補助
  • Quantum ESPRESSO(PWscf)の入力ファイル作成支援に使えるソフトウエアとして、以下の3つがあげられます。cif2cellPWguixtl2pw.pycif2cellcif2cellはCIFからecalj入力の作成でCIFファイルからecaljの入力ファイルを作成するために利用しました。インストール方法はそちらのエントリに書いてあります。cif2cellがインストールしてあれば、格子定数や原子位置が記入された入力ファイルの雛形を作成することが出来ます。フォーマットは [続きを読む]
  • PWscfの擬ポテンシャル
  • AkaiKKR(machikaneyama)やecaljが全電子法を採用しているのに対して、Quantum ESPRESSO(PWscf)は擬ポテンシャル法を採用しています。そのためバンド計算を行うためには、入力ファイルとは別に擬ポテンシャルファイルを用意する必要があります。さらにカットオフエネルギーというパラメータを設定しなければいけません。今回のエントリでは、PWscfの擬ポテンシャルファイルに関する基礎知識について書きます。同じ元素に対しても擬 [続きを読む]
  • PWscfのインストール
  • Quantum ESPRESSO(PWscf)は第一原理バンド計算パッケージです。AkaiKKR(machikaneyama)やecaljが全電子法を用いているのに対して、Quantum ESPRESSOは擬ポテンシャル法を用いています。擬ポテンシャル法は、計算速度が速いことが特徴です。計算が速いということは、全電子法では時間が掛かりすぎて現実的でないような計算、具体的には構造緩和や分子動力学が可能だということです。したがって Quantum ESPRESSO で緩和させた構造を [続きを読む]
  • Kelvinの公式でSeebeck係数
  • AkaiKKR(machikaneyama)で計算された状態密度から Kelvin の公式を利用して、遷移金属のゼーベック係数を計算しました。begin{equation}S = - frac{1}{|e|}frac{mathrm{d}mu}{mathrm{d}T}end{equation}ここで S はゼーベック係数、 e は電気素量、 μ は化学ポテンシャル、T は絶対温度です。結果はそこそこ良く実験値を再現しました。Fig.1: Kelvinの公式で計算されたゼーベック係数(実線)と実験から得られた文献値(丸シンボル)。 [続きを読む]
  • AkaiKKRで窒化ガリウム
  • AkaiKKR(machikaneyama)ウルツ型結晶構造の窒化ガリウムGaNの計算を行いました。Fig.1: ウルツ型構造の窒化ガリウムの状態密度ウルツ型構造の結晶構造はFig.2のような六方晶です。このCIFはCrystallography Open Databaseからダウンロードすることが出来ます。Fig.2: ウルツ型窒化ガリウムの結晶構造AkaiKKRの入力ファイルは、以下のようになりました。原子位置(atomicx)はVESTAでAkaiKKRのための基本並進ベクトルの方法で出力した [続きを読む]
  • AkaiKKRで磁鉄鉱
  • AkaiKKR(machikaneyama)でスピネル型の結晶構造を持つ磁鉄鉱(マグネタイト)Fe3O4の計算を行いました。この計算はYanase and Siratori (1984, J. Phys. Soc. Jpn)で報告されている通り、基底状態ではハーフメタリックな強磁性体になります。(ハーフメタルに関してはAkaiKKRでハーフメタルを参照。)Fig.1: 磁鉄鉱の状態密度。基底状態ではハーフメタルになる。入力ファイル磁鉄鉱の結晶構造は以下のように図示できます。Fig.2: 磁鉄 [続きを読む]
  • おれは広告をけすぞ!ジョジョーーッ!!
  • fc2ブログは1ヶ月以上新しいエントリが投稿されないと広告が表示されるようになります。これは新しいエントリを投稿することで消せるのですが、何のネタもなしにエントリを投稿するのもアレなので出来るだけ何か小ネタを用意するように心がけてはいるのですが、忙しいくて時間が取れない事もあります。本当は書きたいネタはたくさんあるのです。とりあえず Word の数式についてのトゥートでも埋め込んでみるか・・・ [続きを読む]
  • Ubuntuでシンボリックリンクの作成
  • AkaiKKR(machikaneyama)などのソフトウエアパッケージをインストールする際に、以前のバージョンも残しておきたいと思うことが良くあります。一方で、最新版には簡単にアクセスできるようにもしておきたいです。そこで最新版のディレクトリにシンボリックリンクを作成すると便利です。Windowsで言うところのショートカットです。現在の最新版である January 17, 2018 を ~/kkr/20180117/cpa2002v009c/ にインストールしてあるとし [続きを読む]
  • AkaiKKRのMT球の充填率 その2
  • AkaiKKRのMT球の充填率 その1では、面心立方構造と体心立方構造の金属のマフィンティン半径を変えながら全エネルギーを計算しました。その結果、マフィンティン球をできるだけ大きくするとき、全エネルギーが低くなることが確認できました。これに対して、プリミティブセルに2種類以上の原子を含む場合、それぞれの原子のMT半径の比をどのように取るのがよいのかという問題が発生します。今回は、MgOのマグネシウムと酸素のマフィ [続きを読む]
  • AkaiKKRのMT球の充填率 その1
  • AkaiKKR(machikaneyama)は、マフィンティン球近似(MT近似)を利用しています。このマフィンティン球の半径をどのような値に採るのがよいのかは、よく議論になります。今回は、面心立方構造(fcc)の銅とニッケル、体心立方構造(bcc)の鉄についてマフィンティン半径を変化させながら全エネルギーを計算してみました。タッチング半径プリミティブセルに1個だけしか原子を持たないfccやbccの場合、マフィンティン半径を出来るだけ大きく [続きを読む]
  • ecaljのgetsyml.py
  • ecaljには、バンド分散を描画するときの対称性のよいパスを自動的に生成してくれる getsyml.py というpythonスクリプトが ~/ecalj/GetSyml/ にあります。そのディレクトリの README に、以下のようなインストール方法が書いてあるのですが、どういう訳か私の環境では上手く行きませんでした。どうやら私のubuntuのpython環境に何かかの問題があるようでした。===========================Requirement and Install:1.seekpath>git c [続きを読む]
  • ecaljのアップデート
  • ecaljは、現在も活発に開発が進められている第一原理計算パッケージです。ecaljのインストール(Ubuntu + gfortran)では ecalj を Ubuntu に gfortran を使ってインストールする方法を書きましたが、ちょくちょくアップデートをするほうがよいです。アップデートするには、端末に以下のように入力します。cd ~/ecalj/git pull origin master:master./CleanAll.gfortran./InstallAll.gfortranまた、最新版へのアップデートとは逆に古 [続きを読む]
  • CIFからecalj入力の作成 その2
  • CIFからecalj入力の作成では、結晶構造を表す標準的なファイル形式であるCIFから半自動的にecaljの結晶構造ファイル ctrls を作成する方法を書きました。しかしながら cif2cellのオプションが長すぎて明らかに暗記できないので、CIFからctrlsファイルを作成するシェルスクリプト(cif2ctrls_sh.txt)を書きました。#!/bin/csh -fset PREFIX=$1cif2cell ${PREFIX}.cif -p vasp --vasp-cartesian --vasp-format=5vasp2ctrl POSCARcp ct [続きを読む]
  • AkaiKKRで仮想結晶近似
  • ecaljで仮想結晶近似やecaljでB-dopedダイヤモンドでは、原子番号に小数を指定することによって合金の計算を行いました。AkaiKKR(machikaneyama)ではCPAで合金の計算が出来るので出番はなさそうだと思っていましたが、原子番号の部分に小数を指定できるということです。Fig.1: 強磁性鉄中の不純物元素の磁気モーメントAkaiKKRで不純物の磁気モーメントでは強磁性の鉄の中に、鉄のバンド構造に影響を与えないほど微量の不純物元素を [続きを読む]
  • AkaiKKRで不純物の磁気モーメント
  • 第31回のCMDワークショップのAkaiKKR(machikaneyama)実習で鉄の中に不純物元素を入れたときの不純物元素の磁気モーメントの計算を行いました。CMDワークショップの時には手動で不純物元素の種類を置き換えて計算していたので、今回はシェルスクリプトを作成して自動化を行いました。Fig.1: 強磁性鉄の中の不純物の磁気モーメント。正の値は鉄と同じ向きのモーメントを持つことを意味し、負の値は逆方向のモーメントを持つことを意 [続きを読む]
  • ecaljでシリコンの電荷密度
  • ecaljではポスト処理として電荷密度の計算が可能です。プロットにはecaljで銅のフェルミ面で用いたxcrysdenの他にVESTAも利用できます。Fig.1: シリコンの電荷密度ecaljでシリコンのバンド構造(LDA計算)で作成したシリコンの入力ファイルを利用して、セルフコンシステント計算を行ってから、ポスト処理として以下のコマンドを実行します。mpirun -np 2 lmf-MPIK si --density上記のコマンドを実行すると smrho.xsf というファイル [続きを読む]
  • ecaljで銅のフェルミ面
  • ecaljでは、ポスト処理としてフェルミ面の描画が可能です。より具体的に言うと、xcrysdenのbxsf形式でフェルミ面のデータファイルの出力が可能です。どちらかというとecaljでフェルミ面のデータを出力するよりもxcrysdenを使うほうが面倒なのですが、今回はそのあたりについて書きます。Fig.1: 銅のフェルミ面UbuntuへのxcrysdenのインストールUbuntuへxcrysdenをインストールするのは簡単です。apt-getからインストールできます。 [続きを読む]
  • CIFからecalj入力の作成
  • ecaljの入力ファイル作成は手動でやってもかなり簡単ですが、更に簡単な方法としてCIFファイルから半自動的に生成する方法もあります。具体的にはCIFから cif2cell を使ってvasp形式のファイルを作成し、そのvasp形式のファイルからecaljの入力ファイルを作成するという方法です。Fig.1: SrTiO3の結晶構造。簡単すぎることも複雑すぎることもなく、例題として扱うのに丁度いい結晶。今回は正方晶(tetragonal)のSrTiO3を例に入力フ [続きを読む]
  • AkaiKKRで最急降下法
  • 擬ポテンシャル法を用いた第一原理計算パッケージは、多くの場合、結晶構造の最適化機能を持っています。しかしAkaiKKRにはそのような機能はありません。そこで、最急降下法を用いて全エネルギーが最小となる結晶構造を探してみました。対象として選んだのは六方最密充填構造(hcp)のコバルトです。Fig.1: 全エネルギーのカラーマップと最急降下法探索による全エネルギー最小化結晶構造の最適化多くの第一原理計算パッケージには、 [続きを読む]